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비상장주식 양도소득세

문서 #40 · 약 25,000자 · 2026년 6월 기준 · 깊은 계층 + 사례 + 각주 + 상호링크
목차
💡 이 문서는 2026년 6월 현행 세법 기준으로 작성되었습니다. 세법 개정 시 수치가 달라질 수 있으므로 실제 신고 전에 세무사와 반드시 확인하세요.


1. 개요

1.1 비상장주식 양도소득세란

비상장주식(코스피·코스닥·코넥스 등 증권시장에 상장되지 않은 주식)을 유상으로 타인에게 넘기면 발생한 차익, 즉 양도소득에 대해 소득세법 제94조[1]가 규정하는 양도소득세를 납부할 의무가 생긴다. 2026년 6월 현재 기준으로 비상장주식은 대주주·소액주주 구분 없이 모든 양도 거래가 과세 대상이다.

이는 상장주식 소액주주(일반 주주)가 주식시장에서 주식을 팔 때 양도소득세가 면제되는 것과 대비된다. 상장주식 소액주주 비과세 제도는 주식시장 활성화를 위해 오래전부터 유지되어 왔으나, 비상장주식은 시장 거래가 아닌 개별 협상 거래이므로 이러한 특례가 적용되지 않는다.

1.2 상장주식과의 핵심 차이

구분상장주식 (소액주주)비상장주식
과세 여부원칙 비과세 (증권거래세만)전면 과세
대주주 여부대주주만 과세모든 주주 과세
세율20~25% (대주주 기준)11% 또는 22~27.5%
기본공제250만 원250만 원
시가 판단거래소 시세보충적 평가방법 등
⚠️ 스타트업·비상장 법인 주주라면 유의: 지분을 팔 때 무조건 양도소득세 신고를 해야 하며, 이를 누락하면 무신고 가산세 20%가 추가 부과된다.[2]

1.3 금융투자소득세(금투세) 폐지와 현행 체계 유지

2025년부터 시행 예정이었던 금융투자소득세(금투세)는 주식·펀드·채권 등 금융투자상품에서 발생하는 소득을 통합 과세(5,000만 원 공제, 20~25%)하는 제도였다. 그러나 금투세는 2025년 시행 직전 정치적 판단으로 폐지되어 현행 체계가 그대로 유지되고 있다.

금투세가 시행되었더라면 비상장주식도 금투세 체계에 통합되어 세율 체계가 달라졌을 수 있으나, 폐지로 인해 기존의 중소기업 11%, 일반기업 22~27.5%가 그대로 적용된다. 비상장주식 양도소득 기본공제도 연 250만 원으로 유지된다.

1.4 왜 비상장주식 양도가 복잡한가

비상장주식 양도는 상장주식과 달리 다음과 같은 복잡성이 있다.

  1. 시가 결정의 어려움: 상장주식은 시장가격이 명확하지만 비상장주식은 세법상 보충적 평가방법(순자산가치·순손익가치 가중평균)으로 평가해야 한다.
  2. 중소기업 여부 판단: 해당 법인이 세법상 중소기업인지 여부에 따라 세율이 2배 이상 차이 나므로 사전 확인이 필수다.
  3. 특수관계인 거래 리스크: 가족 간, 계열사 간 거래 시 부당행위계산부인이나 증여세 과세 위험이 있다.
  4. 신고 기한 이원화: 예정신고(반기별)와 확정신고(5월)가 나뉘어 있어 기한 관리가 필요하다.

1.5 비상장주식 양도가 발생하는 주요 상황

비상장주식 양도는 다음과 같은 다양한 상황에서 발생한다.

상황세무 고려사항
스타트업 창업자의 지분 매각 (M&A, 투자 엑싯)취득가액 소명, 중소기업 여부, 대규모 차익 발생
가족 간 지분 이전 (승계 준비)부당행위계산부인, 증여세 연계, 보충적 평가
임직원 스톡옵션 행사 후 매각근로소득세 + 양도소득세 이중 과세 가능성
투자자(엔젤·벤처캐피탈)의 회수조합 형태 투자 시 비과세 특례 여부 검토
경영권 분쟁으로 인한 지분 정리특수관계인 범위, 시가 산정 분쟁 가능성
상속·증여받은 주식의 양도취득가액 = 상속·증여 당시 평가액
법인 청산 시 잔여재산 분배의제배당 vs. 양도소득 구분
💡 법인 청산과 주식 양도의 구별: 법인을 청산하면서 주주에게 잔여재산을 분배할 때는 양도소득세가 아닌 의제배당(배당소득세)으로 과세될 수 있다. 단순 주식 양도와 법인 청산 분배는 세무 처리가 다르므로 혼동 주의.

1.6 과세 흐름 요약

`` 비상장주식 양도 발생 ↓ 중소기업 여부 확인 (세율 결정: 11% or 22~27.5%) ↓ 시가 산정 (보충적 평가방법 or 감정평가 or 실거래가) ↓ 양도차익 계산 (양도가액 - 취득가액 - 필요경비) ↓ 기본공제 250만 원 적용 ↓ 과세표준 확정 ↓ 세율 적용 → 양도소득세 + 지방소득세 계산 ↓ 예정신고 (상반기: 8/31, 하반기: 다음해 2/28) ↓ 확정신고 (다음해 5월) ``


2. 세율 구조 상세

2.1 기본 세율표

비상장주식 양도소득세는 소득세법 제104조[3]에 따라 다음과 같이 과세된다.

구분양도소득세 본세지방소득세 (본세의 10%)합계 실효세율
중소기업 주식10%1%11%
일반기업 주식 (과세표준 3억 이하)20%2%22%
일반기업 주식 (과세표준 3억 초과)25%2.5%27.5%
💡 지방소득세: 양도소득세 본세의 10%를 지방소득세로 추가 납부한다. 본세와 합산한 실효세율을 기준으로 계산하면 된다.

2.1.1 "과세표준 3억" 기준의 의미

일반기업 주식에서 22%와 27.5%가 나뉘는 기준인 "과세표준 3억 원"은 해당 연도 비상장주식 양도소득 전체를 합산한 과세표준(= 양도차익 합산 - 기본공제 250만 원)을 기준으로 한다. 단일 거래가 아닌 연도 합산 기준이므로, 여러 비상장주식을 여러 번 양도한 경우 모두 합산해 판단해야 한다.

누진 적용 방식: 과세표준 전체가 3억을 초과하는 경우 초과분에만 27.5%가 적용되는 것이 아니라, 과세표준 전체에 27.5%가 적용된다(초과누진이 아닌 단순세율 적용[4]).

2.2 기본공제 250만 원

양도소득 기본공제는 연도별로 250만 원이 공제된다. 이는 국내 주식(상장·비상장 합산) 전체에 대해 적용되며, 여러 거래를 한 경우에도 연간 250만 원이 한도다.

2.3 세액 계산 예시

예시 1: 중소기업 주식 소규모 양도

시나리오: IT 스타트업(중소기업) 초기 투자자 김OO가 취득가액 500만 원의 비상장주식을 1,250만 원에 제3자에게 양도.

항목금액
양도가액12,500,000원
취득가액5,000,000원
양도차익7,500,000원
기본공제2,500,000원
과세표준5,000,000원
세율 (중소기업)11%
납부세액550,000원
💡 양도차익이 250만 원 이하라면 납부세액 0원(단, 신고는 필요).

예시 2: 일반기업 주식 대규모 양도 (27.5% 세율 적용)

시나리오: 비상장 중견기업(일반기업) 대주주 박OO(지분 40%)가 사업 정리를 위해 지분 전량을 취득가액 5억 원에서 30억 원에 제3자에게 양도.

항목금액
양도가액3,000,000,000원
취득가액500,000,000원
양도차익2,500,000,000원
기본공제2,500,000원
과세표준2,497,500,000원
세율 (일반기업, 3억 초과)27.5%
납부세액686,812,500원
⚠️ 이 경우 세금만 약 6억 8천만 원이 된다. 중소기업 여부 판단이 세 부담에 결정적 영향을 미친다.

예시 3: 제조법인 대규모 양도 (중소기업 해당 여부가 관건)

시나리오: 비상장 제조법인 최OO(대주주, 지분 60%, 취득가 5억 원, 양도가 50억 원)가 제3자에게 주식을 양도할 때

Case A: 중소기업 해당 시

항목금액
양도차익4,500,000,000원
기본공제2,500,000원
과세표준4,497,500,000원
세율11%
납부세액494,725,000원

Case B: 일반기업(중견기업) 해당 시

항목금액
양도차익4,500,000,000원
기본공제2,500,000원
과세표준4,497,500,000원
세율27.5%
납부세액1,236,812,500원
🚨 중소기업 해당 여부로 세 부담 차이: 약 7.42억 원. 사전에 중소기업 해당 여부를 반드시 확인해야 한다.

2.4 필요경비 항목

양도차익 계산 시 공제 가능한 필요경비는 다음과 같다.

필요경비 항목내용비고
취득가액주식 취득 시 실제 지불한 금액자본금 납입액, 매입가액 등
자본적 지출주식가치를 높이는 비용유상증자 참여 납입액 등
증권거래세양도 시 납부한 증권거래세양도가액의 일정 비율
양도 중개수수료M&A 중개사 수수료 등입증 서류 필요
법률·세무 자문비용양도와 직접 관련된 전문가 비용증빙 자료 보관 필요

2.5 증권거래세와의 관계

비상장주식 양도 시에는 양도소득세 외에 증권거래세도 별도 부과된다. 2026년 기준 비상장주식에 대한 증권거래세율은 별도 확인이 필요하다(확인 필요). 증권거래세는 양도가액에 대해 부과되며 양도차익과 무관하게 납부해야 한다.

⚠️ 증권거래세를 납부하지 않으면 별도의 가산세가 부과된다. 양도소득세 신고와 증권거래세 신고는 별개이므로, 두 신고를 모두 챙겨야 한다.

3. 중소기업 해당 여부 판단

3.1 왜 중소기업 여부가 중요한가

앞서 예시 3에서 보았듯 중소기업 해당 여부에 따라 세율이 11%22~27.5%로 2배 이상 차이가 난다. 이는 단순한 세율 차이를 넘어 수억 원의 세 부담 차이로 이어지기 때문에, 양도 전에 반드시 사전 확인이 필요하다.

3.2 중소기업 판단 기준 (중소기업기본법 기준)

세법상 중소기업 주식으로 인정받으려면 해당 법인이 「중소기업기본법」 제2조 및 같은 법 시행령에서 정한 요건을 충족해야 한다.[5]

3.2.1 규모 기준 (업종별 매출액)

업종기준 매출액 (연간)
제조업, 광업, 건설업, 운수업1,500억 원 이하
도매 및 소매업1,000억 원 이하
음식·숙박업, 금융·보험업600억 원 이하
농림어업, 정보통신업, 전문·과학·기술 서비스업400억 원 이하
기타 서비스업300억 원 이하
⚠️ 업종은 주된 사업 기준으로 판단한다. 복수 사업을 영위하는 경우 매출 비중이 가장 큰 업종을 기준으로 한다.

3.2.2 독립성 기준

다음 요건을 모두 충족해야 한다.

  1. 대기업 지배 배제: 자산총액 5,000억 원 이상의 기업이 해당 기업의 주식·출자지분을 30% 이상 보유하지 않을 것
  2. 상호출자제한기업집단 소속 배제: 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 않을 것
  3. 관계기업 합산: 관계기업(동일인이 30% 이상 지분을 보유하는 기업) 간에는 매출액 등을 합산하여 판단

3.2.3 자산총액 기준

업종별 매출액 기준을 충족하더라도 자산총액이 5,000억 원 이상이면 중소기업에서 제외된다.

3.3 중소기업 유예기간

중소기업이 기준을 초과하더라도 즉시 일반기업으로 분류되지 않는다. 기준 초과 후 3년간 중소기업으로 유예 인정된다.[6]

유예 사유유예 기간
규모 기준(매출액) 초과초과한 날이 속하는 사업연도부터 3년
독립성 기준 위배위배한 날이 속하는 사업연도부터 즉시 제외 (유예 없음)
🚨 독립성 기준 위배는 유예가 없다. 대기업이 30% 이상 지분을 취득하는 순간 중소기업 지위를 잃는다.

유예기간 실전 사례

시나리오: 제조업 법인 A사는 2023년도에 매출액이 1,600억 원으로 기준(1,500억 원)을 초과했다. 대표이사 이OO는 2026년에 지분을 양도할 예정이다.

⚠️ 만약 2025년 12월 31일 이전에 양도했다면 중소기업 세율 11%를 적용받을 수 있었다.

3.4 판단 시점

중소기업 해당 여부는 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 말 현재를 기준으로 판단한다.

판단 시점 예시내용
2026년 3월에 양도2025년 12월 31일(직전 사업연도 말) 기준 판단
2026년 9월에 양도2025년 12월 31일(직전 사업연도 말) 기준 판단

3.5 확인 방법 실무

확인 방법내용
중소기업현황정보시스템 (sminfo.mss.go.kr)기업 직접 조회 가능
세무사 자문복잡한 계열사 구조·관계기업 합산의 경우 권장
중소벤처기업부 확인서확인서 발급 신청 가능 (공식 서류로 활용)

4. 비상장주식 평가 방법

4.1 왜 평가가 필요한가

비상장주식은 공개 시장이 없어 시가가 불분명하다. 세법은 비상장주식 거래 시 다음 목적을 위해 평가액을 요구한다.

  1. 양도가액의 적정성 검토: 특수관계인 간 거래 시 시가와 비교해 부당행위계산부인 적용 여부 판단
  2. 취득가액 산정: 증여·상속으로 취득한 주식의 취득가액 산정
  3. 증여세 과세: 저가·고가 거래 시 증여세 과세 기준

4.2 보충적 평가방법 (세법 원칙)

특수관계인 간 거래나 시가가 불분명한 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조에 따른 보충적 평가방법을 적용한다.[7]

4.2.1 순자산가치와 순손익가치의 가중평균

비상장주식의 보충적 평가액은 다음 공식으로 계산한다.

`` 비상장주식 1주당 평가액 = (순손익가치 × 3 + 순자산가치 × 2) ÷ 5 ``

단, 부동산과다보유법인 등 일부의 경우에는 순자산가치와 순손익가치 중 큰 값을 적용한다.

구분계산 방법
순손익가치1주당 최근 3년간 순손익액의 가중평균 ÷ 10% (자본환원율)
순자산가치(법인 총자산 장부가액 - 부채 총액) ÷ 발행주식총수
💡 순손익가치 계산 시 3년 가중평균은 최근 1년: 3/6, 2년 전: 2/6, 3년 전: 1/6의 비중으로 가중 적용한다.

4.2.2 순자산가치 우선 적용 케이스

다음 경우에는 순자산가치만으로 평가한다.

4.2.3 평가 적용 사례

시나리오: 비상장 IT 서비스 스타트업(중소기업, 사업 4년차) 주주 정OO가 보유 지분(10%, 100,000주)을 제3자에게 양도. 법인의 재무정보는 다음과 같다.

재무 항목금액
최근 1년 1주당 순손익2,000원
2년 전 1주당 순손익1,500원
3년 전 1주당 순손익1,000원
총자산30억 원
부채10억 원
발행주식총수1,000,000주

순손익가치 계산:

순자산가치 계산:

보충적 평가액:

세법상 시가 = 10,802원/주, 100,000주의 총 시가 = 10억 802만 원

4.3 시가 인정 요건 (보충적 평가 대신 실거래가 적용)

보충적 평가방법 대신 실제 거래가액이 세법상 시가로 인정받으려면 다음 요건을 충족해야 한다.[8]

구분요건
불특정 다수 거래가액특수관계인이 아닌 제3자 간 독립적 거래일 것
거래 시기 근접성양도일 전후 3개월 이내 거래일 것
거래 규모거래 규모가 작지 않아 가격 왜곡 우려가 없을 것

실제 제3자 간 거래가 있었더라도 위 요건을 충족하지 못하면 세법상 시가로 인정되지 않을 수 있으며, 이 경우 보충적 평가방법으로 산출된 가액이 시가로 사용된다.

4.4 감정평가

공신력 있는 감정평가법인 2곳 이상의 감정가액 평균을 시가로 인정받을 수 있다(상증세법 기준). 그러나 비상장주식 감정평가는 비용과 시간이 소요되므로 대형 거래 또는 보충적 평가방법이 불리한 경우에 주로 활용된다.

⚠️ 감정평가 결과가 보충적 평가방법보다 낮게 나오면 세부담 측면에서 유리할 수 있지만, 국세청이 감정가액의 적정성을 다툴 수 있다.

4.5 평가 기준일

비상장주식 평가의 기준일은 원칙적으로 양도일(매매계약 효력 발생일)이다. 보충적 평가방법 적용 시 기준일의 직전 사업연도 말 재무제표를 사용한다.

4.6 평가방법 선택의 전략적 고려

보충적 평가방법으로 산출된 시가가 실제 거래가액보다 높거나 낮을 수 있다. 이는 납세자와 국세청 간 분쟁의 원인이 되기도 한다.

상황전략적 고려
보충적 평가액 > 실거래가시가 대로 거래하면 부당행위계산부인 위험. 실제 거래 시장이 있다면 독립적 제3자 거래가 있었음을 입증
보충적 평가액 < 실거래가실거래가 기준으로 신고하면 세 부담 증가. 보충적 평가액 사용 가능 여부 검토
보충적 평가액이 과도하게 높을 때감정평가를 통해 낮은 시가를 인정받는 전략 가능 (비용 대비 효과 검토 필요)
💡 이익잉여금이 많은 법인: 오래된 법인으로 이익잉여금이 많이 쌓인 경우 순자산가치가 높아 보충적 평가액이 높게 나올 수 있다. 양도 전에 배당을 통해 이익잉여금을 줄이는 전략을 검토할 수 있으나, 배당소득세 부담 등 종합적인 세무 계획이 필요하다.

4.7 비상장주식 평가와 세무조사 리스크

국세청은 비상장주식 거래에 대한 세무조사를 강화하고 있다. 특히 다음 상황에서 조사 리스크가 높아진다.

🚨 세무조사 대비를 위해 모든 비상장주식 거래 시 계약서, 평가 자료, 자금 출처 등 증빙을 10년 이상 보관하는 것을 권장한다.

5. 신고·납부 절차 실무

5.1 신고 체계 개요

비상장주식 양도소득세 신고는 예정신고확정신고 두 가지로 구성된다.

`` 양도 발생 ↓ 예정신고 (반기별) ↓ 확정신고 (다음 해 5월) ↓ 최종 납부 ``

예정신고를 하지 않고 확정신고만 해도 세금 자체는 납부할 수 있지만, 예정신고를 누락하면 가산세 리스크가 있다.

5.2 예정신고

5.2.1 예정신고 기간

양도 시기예정신고 기한
상반기 (1월 ~ 6월)해당 연도 8월 31일까지
하반기 (7월 ~ 12월)다음 해 2월 28일까지

5.2.2 예정신고의 의미

예정신고는 중간 정산 성격이다. 예정신고 시 납부한 세액은 나중에 확정신고 시 기납부세액으로 공제된다. 예정신고를 통해 세액을 분산 납부할 수 있어 자금 운용에 유리하다.

💡 예정신고 절세 팁: 상반기에 큰 이익이 나고 하반기에 손실이 예상되는 경우, 예정신고를 하지 않고 확정신고 시 합산하면 손실을 상계해 세 부담을 줄일 수 있다. 단, 이 경우 무신고 가산세가 부과될 수 있으므로 세무사와 상담 후 결정해야 한다.

5.3 확정신고

매년 다음 해 5월 1일 ~ 5월 31일에 전년도 양도소득을 확정 신고한다. 확정신고 시 해당 연도의 모든 주식 양도소득을 합산해 신고한다.

항목내용
신고 기간양도일이 속하는 다음 해 5월 1~31일
합산 범위해당 연도 국내 주식 양도소득 전체
기납부세액 공제예정신고 납부세액 차감 후 추가 납부

5.4 홈택스 신고 경로

경로: 홈택스(hometax.go.kr) → 신고/납부 → 세금신고 → 양도소득세 → 비상장주식 신고

단계별 절차:

  1. 홈택스 로그인 (공동인증서 또는 간편인증)
  2. 상단 메뉴: 신고/납부 클릭
  3. 양도소득세 선택
  4. 예정신고 또는 확정신고 선택
  5. 자산 종류에서 주식 선택 → 비상장주식 선택
  6. 양도 정보 입력 (취득가액, 양도가액, 양도일 등)
  7. 중소기업 해당 여부 체크
  8. 기본공제 적용 (자동 계산)
  9. 납부세액 확인 및 납부

5.5 필요 서류 체크리스트

서류목적비고
주식 양수도 계약서양도가액·양도일 증빙공증 권장
취득가액 증빙취득가액 확인주주명부, 납입 영수증 등
주주명부주식 보유 현황 확인법인 등기부등본으로도 확인
중소기업 확인서중소기업 해당 여부중소벤처기업부 발급 또는 재무제표
법인 재무제표보충적 평가 시 필요직전 사업연도 감사보고서
증권거래세 납부 영수증필요경비 공제용
🚨 취득가액 증빙 불비 시: 취득가액을 입증하지 못하면 세법상 취득가액을 0원으로 보아 양도가액 전액에 과세될 수 있다. 반드시 취득 당시 서류를 보관해야 한다.

5.6 가산세 체계

예정신고 또는 확정신고를 누락하거나 과소 신고하면 다음과 같은 가산세가 부과된다.[9]

가산세 종류세율적용 기준
무신고 가산세20%신고를 전혀 하지 않은 경우
부정 무신고 가산세40%부정행위로 신고 누락 시
과소신고 가산세10%과소 신고한 경우
부정 과소신고 가산세40%부정행위로 과소 신고 시
납부지연 가산세1일 0.022%납부 기한 초과 시 (연 약 8%)
⚠️ 납부지연 가산세는 일별로 누적되므로 장기 미납 시 상당한 부담이 된다. 신고 기한 내에 신고하고 납부하는 것이 최선이다.

5.7 지연 신고 시 구제 수단

예정신고 기한을 넘겼더라도 확정신고 기한 내에 신고·납부하면 가산세 부담을 일부 줄일 수 있다. 또한 자진 수정신고 시 가산세가 감면될 수 있다.

시기가산세 감면율
법정 신고 기한 후 1개월 이내 수정신고90% 감면
1개월 초과 3개월 이내75% 감면
3개월 초과 6개월 이내50% 감면
6개월 초과 1년 이내30% 감면
1년 초과 2년 이내20% 감면

5.8 신고 시 자주 발생하는 실수

비상장주식 양도소득세 신고 시 실무에서 자주 발생하는 실수와 유의사항은 다음과 같다.

실수 유형내용대처 방법
중소기업 착오 신고중소기업이 아닌데 11% 적용 또는 반대로 적용직전 사업연도 재무제표와 중소기업 요건 재확인
취득가액 누락유상증자 참여분 등 추가 납입액 누락자본금 변동 내역 전체 확인
기본공제 중복 적용상장·비상장 합산 기본공제를 분리 적용연간 250만 원 한도 내에서 통합 공제
증권거래세 미신고양도소득세만 신고하고 증권거래세 누락별도 증권거래세 신고 일정 관리
예정신고 기한 착오상하반기 기한 혼동캘린더에 기한 등록

5.9 홈택스 신고 시 필요한 코드 정보

홈택스 양도소득세 신고 시 자산 코드를 정확히 선택해야 한다.

자산 구분홈택스 코드
중소기업 비상장주식별도 코드 선택 (홈택스 화면에서 확인)
일반법인 비상장주식별도 코드 선택
💡 홈택스 양도소득세 신고 화면에서 "주식 및 출자지분" → "비상장주식" 순서로 선택 후, 중소기업 해당 여부를 체크박스로 선택하면 세율이 자동 적용된다.

6. 특수관계인 거래 주의사항

6.1 특수관계인의 범위

세법상 특수관계인은 다음과 같이 정의된다.[10]

구분범위
친족배우자, 직계존비속, 형제자매, 배우자의 직계존비속 및 형제자매 등
경제적 연관관계임원, 사용인, 30% 이상 지분을 보유하거나 보유당한 법인 등
지배관계해당 법인의 발행주식 30% 이상을 직·간접 보유하는 자

6.2 부당행위계산부인

특수관계인 간에 비상장주식을 시가보다 낮게 또는 높게 거래하면 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 있다.[11]

6.2.1 저가 양도 (양도자 불이익)

양도자가 특수관계인에게 시가보다 낮게 비상장주식을 양도하는 경우:

시나리오: 아버지 한OO이 시가 10억 원(보충적 평가액) 비상장주식을 아들에게 5억 원에 양도하는 경우

6.2.2 고가 양도 (양수인 불이익)

양도자가 특수관계인에게 시가보다 높게 비상장주식을 매각하는 경우:

6.3 증여세 연계 위험

비상장주식을 특수관계인에게 저가 양도하면 양도자에게는 부당행위계산부인이 적용되는 동시에, 양수인(예: 자녀)에게는 이익에 대해 증여세가 과세될 수 있다.

구분적용 법규과세 대상
저가 양도소득세법 제101조 (부당행위계산부인)양도자 — 양도소득세 재계산
저가 취득이익상속세및증여세법 제35조양수인 — 이익에 증여세
🚨 이중 과세 위험: 같은 거래에서 양도자는 시가 기준 양도세를 내고, 양수인은 이익에 대한 증여세를 낼 수 있다. 특히 가족 간 지분 이전 시 두 가지 세금이 동시에 부과될 수 있다.

이중 과세 실전 사례

시나리오: 아버지(대주주)가 보유 중인 비상장 법인 지분(시가 20억)을 자녀에게 5억에 양도

⚠️ 위험 단정: 무조건 모든 특수관계인 거래가 문제가 되는 것은 아니다. 차액이 시가의 5% 또는 3억 원 미만이면 부당행위계산부인이 적용되지 않는다. 세무사와 사전 검토가 필수다.

6.4 시가 거래의 실무적 어려움

특수관계인 간 주식 거래 시 "시가대로 거래"하는 것이 원칙이지만, 비상장주식은 시가 자체가 불분명하다. 이 경우 보충적 평가방법으로 산출된 가액을 기준으로 거래하는 것이 실무상 안전하다.

방법안전도비용
보충적 평가방법 기준 거래높음낮음 (세무사 검토 비용)
감정평가법인 감정 기준 거래매우 높음높음 (감정 수수료)
임의 결정 거래낮음없음

7. 승계 전략과의 연계

7.1 비상장주식 양도 vs. 증여·상속: 무엇이 유리한가

비상장주식을 후계자에게 넘기는 방법은 크게 ① 유상 양도, ② 증여, ③ 가업승계 특례 활용 세 가지가 있다. 각각의 세 부담과 조건이 다르므로 전략적 선택이 필요하다.

구분양도증여가업승계 특례
양도자(현 경영자) 부담양도소득세 11~27.5%없음없음
양수자(후계자) 부담없음 (취득가액 = 양도가액)증여세 10~50%증여세 10~20% (특례)
나중에 팔 때 양수자 세금취득가액 = 양도가액 → 차익만 과세취득가액 = 증여 시가 → 차익만 과세취득가액 = 증여 시가 (동일)
적합한 상황지분 정리, 제3자 매각경영권 이전, 부의 이전대규모 가업 승계

7.2 가업승계 증여세 과세특례

「조세특례제한법」 제30조의6에 따라 중소기업 등의 주식을 가업승계 목적으로 증여하면 증여세 과세특례가 적용된다.[12]

항목내용
공제액10억 원 (증여재산가액에서 공제)
특례 세율10% (과세표준 120억 원 이하) / 20% (초과)
대상 요건중소기업 또는 매출 4,000억 미만 중견기업 주식
증여자 요건10년 이상 계속 경영한 60세 이상 부모
수증자 요건18세 이상 자녀, 증여 후 가업 종사 요건
사후 관리7년간 가업 유지 의무 (미이행 시 특례 취소)

비교: 일반 증여세율이 10~50%(누진)인 것에 비해 가업승계 특례는 10~20%로 훨씬 낮다. 10억 원 공제까지 적용 시 대규모 지분 이전에서 특히 유리하다.

7.3 창업자금 증여세 과세특례

「조세특례제한법」 제30조의5에 따라 창업자금 목적으로 자녀에게 증여 시 특례가 있다.[13]

항목내용
공제액5억 원 (증여재산가액에서 공제)
특례 세율10%
대상창업자금으로 사용할 것 (사업 개시 3년 이내 창업)
수증자 요건18세 이상 자녀

주식 자체를 창업자금 특례로 이전할 수는 없지만, 주식을 양도한 대금을 자녀에게 창업자금으로 증여할 때 특례를 활용할 수 있다.

7.4 양도가 유리한 경우

다음 상황에서는 증여·특례보다 양도가 유리할 수 있다.

상황이유
제3자에게 지분 매각증여·승계 특례 활용 불가 (특수관계인 요건)
현금 확보가 시급한 경우양도로 현금 수령, 세금 납부 후 잔여액 확보
미래에 주가 하락이 예상되는 경우지금 높은 가격에 양도해 차익 실현이 유리
증여세 부담이 더 큰 경우양도소득세가 오히려 낮을 수 있는 구조
사후 관리 부담을 피하고 싶은 경우가업승계 특례는 7년 사후 관리 의무

7.5 전략적 세금 계획 사례

시나리오: 중소기업 비상장법인 대표 오OO(60세, 지분 100%, 주식 시가 30억)가 단독 후계자 아들(35세)에게 지분을 이전하려 한다.

방법 A: 양도 (11% 세율 가정, 취득가 2억)

방법 B: 일반 증여 (증여세 누진세율 10~50%)

방법 C: 가업승계 증여세 과세특례

결론: 이 경우 가업승계 특례(C)가 세 부담이 가장 낮다. 단, 7년 사후 관리와 아버지의 10년 이상 경영 요건 등을 확인해야 한다.


8. 주의사항 및 FAQ

8.1 핵심 주의사항

8.1.1 중소기업 해당 여부 사전 확인 필수

세율이 11% vs 27.5%로 최대 2.5배 차이가 나므로, 양도 전 반드시 중소기업 여부를 확인해야 한다. 판단 기준연도(직전 사업연도)를 기준으로 매출액, 독립성 기준, 자산총액을 모두 체크한다.

8.1.2 특수관계인 거래는 시가 거래가 원칙

가족 간 지분 이전 시 보충적 평가방법으로 주식가치를 평가하고, 그 가액 기준으로 거래해야 부당행위계산부인 및 증여세 과세 위험을 피할 수 있다.

8.1.3 취득가액 증빙 철저히 보관

비상장주식의 취득가액을 입증하지 못하면 취득가액을 0으로 보아 양도가액 전액에 과세될 위험이 있다. 창업 초기부터 자본금 납입 영수증, 주식 취득 계약서 등을 보관해야 한다.

8.1.4 예정신고 기한 관리

상반기 양도 시 8월 31일, 하반기 양도 시 다음 해 2월 28일이 예정신고 기한이다. 이를 놓치면 무신고 가산세(20%)가 부과될 수 있다. 양도 후 즉시 신고 일정을 캘린더에 등록해 두는 것이 좋다.

8.1.5 손실 통산 가능

같은 연도에 비상장주식을 여러 건 거래했다면 이익과 손실을 합산한다. 한 종목에서 5,000만 원 이익, 다른 종목에서 3,000만 원 손실이라면 순이익 2,000만 원에 대해 과세된다.

8.1.6 스톡옵션 행사 후 양도는 이중 과세 가능성

스톡옵션을 행사해 얻은 이익(행사가 - 취득가)은 근로소득 또는 기타소득으로 과세된다. 이후 행사한 주식을 양도할 때는 행사 시 평가액을 취득가액으로 하여 양도소득세가 별도 과세된다. 따라서 스톡옵션 이익에는 두 단계의 세금이 발생할 수 있다.

8.1.7 비상장주식 평가 시 재무제표 시점 주의

보충적 평가방법 적용 시 직전 사업연도 재무제표를 사용한다. 양도일이 직전 연도 재무제표 확정 전이라면 어느 연도 재무제표를 사용할지 세무사와 확인이 필요하다.

8.1.8 분리과세가 적용되지 않음

비상장주식 양도소득세는 다른 소득(근로소득, 사업소득 등)과 합산하지 않는 분류과세 방식이다. 다른 소득이 많아도 비상장주식 세율은 별도 적용된다.

8.1.9 상속받은 비상장주식 양도 시 취득가액

상속으로 취득한 비상장주식의 취득가액은 상속 당시 세법상 평가액(보충적 평가방법 등으로 산정된 상속세 과세가액)이 된다. 피상속인의 원래 취득가액이 아님에 유의한다.

8.1.10 주식 변동 시 시가 인정 불이익

법인이 유상증자를 하거나 감자를 하는 경우, 그 전후의 주식가치 변동이 특수관계인 간 부의 이전 수단으로 악용되면 증여세가 과세될 수 있다(상증법 제39조 등 의제 증여 규정). 비상장주식 관련 법인 구조 변경 시에도 세무 검토가 필요하다.

8.2 FAQ

Q1. 스타트업 직원이 스톡옵션 행사 후 비상장주식을 팔 때 세율은?

A. 해당 회사가 세법상 중소기업이면 11%, 중견·대기업이면 22~27.5%다. 다만, 스톡옵션 행사 시점에 이미 근로소득세가 부과되었다면, 양도 시에는 행사가(시가)를 취득가액으로 보아 그 이후 발생한 차익에만 양도소득세가 적용된다.


Q2. 비상장주식을 가족에게 시가보다 낮게 팔 수 있나?

A. 법적으로 불가능하지는 않지만, 차액이 시가의 5% 또는 3억 원 이상이면 부당행위계산부인(양도자 측)과 증여세(양수자 측)가 동시에 적용될 수 있다. 원칙적으로 보충적 평가방법으로 산정한 시가 기준으로 거래하는 것이 안전하다.


Q3. 예정신고를 놓쳤다면?

A. 확정신고(다음 해 5월) 시에 납부할 수 있다. 다만 예정신고를 하지 않은 것에 대해 무신고 가산세(20%)가 부과될 수 있다. 예정신고 기한 후 조기에 자진 신고하면 가산세 감면(90~20%)을 받을 수 있다.


Q4. 금투세 폐지가 비상장주식에도 영향을 미치나?

A. 금투세가 폐지되어 기존 체계(중소기업 주식 11%, 일반기업 22~27.5%)가 그대로 유지된다. 금투세 시행 시 통합 과세 체계로 바뀔 수도 있었지만 폐지로 현행 체계가 유지된다.


Q5. 비상장주식 양도 시 증권거래세도 내야 하나?

A. 비상장주식 양도 시에는 양도소득세 외에 증권거래세를 별도 납부해야 한다. 2026년 기준 정확한 세율은 별도 확인이 필요하다(확인 필요). 증권거래세는 양도가액에 대해 부과되며, 양도소득세 계산 시 필요경비로 공제 가능하다.


Q6. 취득가액을 증명할 서류가 없다면 어떻게 되나?

A. 취득가액을 입증하지 못하면 세법상 취득가액을 0원으로 보거나 추정하여 양도가액 전부 또는 대부분이 양도차익이 된다. 이 경우 세 부담이 크게 증가한다. 창업 당시부터 자본금 납입 영수증, 주주명부 변경 내역, 유상증자 납입 증빙 등을 보관하는 것이 중요하다.


Q7. 비상장주식을 여러 번에 나눠 팔면 기본공제를 여러 번 받을 수 있나?

A. 아니다. 기본공제는 연도별로 250만 원 한도이며, 같은 해에 여러 번 거래해도 한 번만 적용된다. 단, 연도를 달리해 나눠 팔면 연도별로 각각 250만 원 공제를 받을 수 있다.


Q8. 법인이 자기주식을 취득하는 경우에도 양도소득세가 적용되나?

A. 법인이 자기주식을 취득하는 경우(자사주 매입)에도 주주 입장에서는 주식 양도에 해당하므로 양도소득세 과세 대상이 된다. 단, 소각 목적의 자기주식 취득은 세무처리가 달라질 수 있으므로 세무사 확인이 필요하다.


Q9. 양도소득세 분할 납부가 가능한가?

A. 비상장주식 양도소득세는 분할납부 제도가 있다. 납부세액이 1,000만 원을 초과하는 경우 잔여 세액을 2개월 이내에 나눠 낼 수 있다. 단, 이자 상당액이 추가될 수 있다.


Q10. 비상장주식 양도소득을 다른 손실(부동산 등)과 통산할 수 있나?

A. 양도소득세는 자산 종류별로 분리과세가 원칙이다. 비상장주식 손익과 부동산 양도 손익은 합산되지 않는다. 다만 국내 주식(상장·비상장) 간 손익 통산은 가능하다.


Q11. 해외 거주자(비거주자)가 국내 비상장주식을 양도하면?

A. 비거주자도 국내 비상장주식 양도 시 양도소득세 납세 의무가 있다. 다만 조세조약이 있는 국가의 거주자라면 조약에 따라 세율이 달라질 수 있다. 또한 비거주자는 홈택스 신고 대신 납세지 세무서에 직접 신고해야 하는 경우가 있다.


Q12. 창업투자조합을 통해 투자한 비상장주식에도 동일하게 과세되나?

A. 창업·벤처전문 사모펀드나 창업투자조합을 통한 투자에 대해서는 일정 요건 충족 시 비과세 또는 세율 감면 혜택이 있을 수 있다(확인 필요). 일반 주주로서 직접 투자한 경우에는 동일하게 과세된다.


9. 관련 문서


각주

각주

  1. 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) — 주식 또는 출자지분의 양도로 발생하는 소득을 양도소득으로 규정. 비상장주식은 대주주·소액주주 구분 없이 전면 과세 대상.
  2. 국세기본법 제47조의2 (무신고가산세) — 법정 신고 기한까지 신고하지 않은 경우 산출세액의 20%(부정행위의 경우 40%)를 가산세로 부과.
  3. 소득세법 제104조 (양도소득세의 세율) — 비상장주식의 세율: 중소기업 10%, 일반기업 과세표준 3억 이하 20%, 3억 초과 25%. 지방소득세는 본세의 10% 추가.
  4. 소득세법 제104조 제1항 — 비상장주식 세율은 과세표준 전체에 단일 세율 적용. 부동산 등의 초과누진세율과 달리 세율이 2단계이나, 3억 초과 시 전액에 25% 적용.
  5. 중소기업기본법 제2조 및 시행령 제3조, 별표 1 — 업종별 기준 매출액 및 독립성 기준 규정. 소득세법 시행령 제157조에서 양도소득세 중소기업 판단 시 이를 준용.
  6. 중소기업기본법 시행령 제8조 (유예기간) — 중소기업이 규모 기준을 초과하더라도 3년간 중소기업으로 간주. 단, 독립성 기준 위배 시 유예 없이 즉시 제외.
  7. 상속세 및 증여세법 제63조 (유가증권 등의 평가) 및 제54조 (비상장주식 등의 평가) — 비상장주식의 보충적 평가방법으로 순손익가치와 순자산가치의 가중평균(3:2) 방법 규정.
  8. 상속세 및 증여세법 제60조 (평가의 원칙 등) — 시가 우선 원칙 및 불특정 다수인 간 거래가액을 시가로 인정하는 요건 규정.
  9. 국세기본법 제47조의2 (무신고가산세), 제47조의3 (과소신고·초과환급신고가산세), 제47조의4 (납부지연가산세) — 양도소득세 가산세 체계의 근거 법규.
  10. 소득세법 제101조 제2항 및 국세기본법 제2조 제20호 — 특수관계인의 범위 규정. 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계 등 포함.
  11. 소득세법 제101조 (부당행위계산의 부인) — 특수관계인 간 시가와 실거래가 차이가 시가의 5% 또는 3억 원 이상인 경우 부당행위계산부인 적용. 상증법 제35조 (저가·고가 양도 시 이익의 증여)와 연계.
  12. 조세특례제한법 제30조의6 (가업의 승계에 대한 증여세 과세특례) — 10억 원 공제 후 10~20% 특례세율 적용. 7년 사후 관리 의무, 증여자·수증자 요건 등 규정.
  13. 조세특례제한법 제30조의5 (창업자금에 대한 증여세 과세특례) — 5억 원 공제 후 10% 세율 적용. 창업 목적 사용 요건 및 사후 관리 의무 규정.